a mio parere il motivo perchè producao le 650 bicilidriche e le 600 a 4 cilindri è solo una questione di mercato:
Ormai si sa che le super sportive 600 dilagao , quindi per fare paragoni tre le varie case e le varie moto si tiene in considerazione la cubatura 600, per farti un esempio stupido , la 675 daitona non la paragonano quasi mai alle normali 600 tipo r6 ninja ecc elle varie prove, proprio perchè anche se supera di 75 cc la cubatura dei 600 è cosiderta più una 700.
Nelle 650 bicilidriche è la stessa cosa; queste cilidrate sono usate spesso da scrambler come transalp v-storm ecc proprio per fare un equivaleza di cilindrate, le case costruttrici facendo così riesco a farsi competizione tra di loro proponedo sempre nuovi aggiornamenti e nuovi opzional

Poi un altro motivo potrebbe essere l'evoluzioe di motori già esistenti nella casa madre, esempio:
La yamaha produce il fazer e che cilidrate lo fa 600 e 1000(anche se ora hanno presentato l'800), proprio perchè partono dalla base del classico motore 600 che loro hano e poi in base all'utilizzo che deve compiere(ss naked ecc) lo pompano o meno