Giusto per confutare moderatamente questa tua affermazione, il Team-Leader del 1.8 turbo che uscirà a breve su vari modelli del Gruppo Fiat (per prima la nuova Delta) è un ing. elettronico....

il fatto è questo da quello che ho visto meccatronica è più servo meccanismi robotica ecc mentre io vorrei fare una cosa tipo elettronica e auto-moto ora la mia domanda è questa: Facendo meccatronica una volta finita (se ci riesco) mi troverò pronto a lavorare su motori in quanto elettronico o saprò solamente creare dei dispositivi elettronici ?

da quello che so io l'unica casa che adotta l'iniezione diretta è la bmw al momento.
le altre nn sono ancora riuscite a sviluppare e sfruttare a pieno questo sistema

Se parli dell'ambito automobilistico, altro che solo la BMW! L'iniezione diretta è patrimonio ormai anche del gruppo VW (leggi: motori FSI) e Gruppo FIAT, con i vari JTS di Alfa ed i prossimi turbo (1800, 900 e fra un po' 2800), in uscita a breve.
A livelo motociclistico, invece, nn mi risulta ci siano già moto con l'iniezione diretta.

Riguardo il lavorare sui motori, direi che la scelta di Ing. Meccanica con orientamento "motorista" rimane forse la migliore al momento. Ti troveresti ad imparare i fondamentali del fuzionamento di un motore, che potresti poi applicare a livello sperimentale (su tutti Calibrazione&Guidabilità, come anche prove al banco sui motori, cioè "Base Engine") oppure progettuale, per lo studio fluidodinamico di un motore, anche se per questo te la caveresti egregiamente anche scegliendo Ing. Aerospaziale, indirizzo aerodinamico o propulsivo oppure direttamente Matematica, con orientamento verso il calcolo numerico applicato alla simulazione fluidodinamica.
Va però detto che questi ultimi due percorsi sono decisamente duri e necessitano di molta motivazioen e continuità nel tempo, per il continuo avere a che fare con cose molto astratte, che spesso sembrano perdere legami con le realtà a cui si applicano. O almeno, questa è la difficoltà maggiore che incontrai io quando ebbi a che fare con l'aerodinamica.
Da utimo posso comunque dirti che ho vari colleghi che hanno fatto la laurea triennale di ing. Meccanica, hanno fatto il tirocinio finale, poi sono stati assunti e lavorano sui motori tutto il giorno...